The regulation of gene activity at the transcriptional level generally occurs; Gen aktivitesinin transkripsiyonel seviyede düzenlenmesi genellikle meydana gelir;
• via changes in the amounts or activities of transcription factors, • transkripsiyon faktörlerinin miktarları veya aktivitelerindeki değişiklikler yoluyla,
•the encoding genes may be transcriptionally induced or repressed by other regulatory proteins, •kodlayıcı genler diğer düzenleyici proteinler tarafından transkripsiyonel olarak indüklenebilir veya baskılanabilir,
•or the transcription factors may be activated or deactivated by proteolysis, covalent modification, or ligand binding •veya transkripsiyon faktörleri proteoliz, kovalent modifikasyon veya ligand bağlanmasıyla etkinleştirilebilir veya devre dışı bırakılabilir
•by specific interactions with DNA regulatory elements and by their interaction with other proteins. Transcription factors mediate gene-specific transcriptional activation or repression • DNA düzenleyici elementlerle spesifik etkileşimler ve bunların diğer proteinlerle etkileşimi yoluyla. Transkripsiyon faktörleri gene özgü transkripsiyonel aktivasyona veya baskıya aracılık eder.
1. Stimulation of the recruitment and binding of general transcription factors and RNA pol II to the core promoter to form a preinitiation complex. Bir ön başlatma kompleksi oluşturmak için genel transkripsiyon faktörlerinin ve RNA pol II'nin çekirdek promotere toplanmasının ve bağlanmasının uyarılması.
2. Induction of a conformational change or post-translational modification (such as phosphorylation) that stimulates the enzymatic activity of the general transcription machinery. Genel transkripsiyon mekanizmasının enzimatik aktivitesini uyaran konformasyonel bir değişikliğin veya translasyon sonrası modifikasyonun (fosforilasyon gibi) indüksiyonu.
3. Interaction with chromatin remodelling and modification complexes to permit enhanced accessibility of the template DNA to general transcription factors or specific activators. Kalıp DNA'nın genel transkripsiyon faktörlerine veya spesifik aktivatörlere daha iyi erişilebilirliğine izin vermek için kromatin yeniden modelleme ve modifikasyon kompleksleri ile etkileşim.
DNA-Binding Domain Motifs DNA Bağlayıcı Alan Motifleri
• The DNA-binding domain positions a transcription factor on a specific DNA sequence. • DNA bağlanma alanı, bir transkripsiyon faktörünü belirli bir DNA dizisine konumlandırır.
• High affinity binding is dependent on the overall three-dimensional shape and formation of specific hydrogen bonds. • Yüksek afiniteli bağlanma, genel üç boyutlu şekle ve spesifik hidrojen bağlarının oluşumuna bağlıdır.
• The amino acids of a protein can make specific hydrogen bonds with exposed atoms on the sides of the base pairs or along the “floor” of the major or minor groove in the DNA. • Bir proteinin amino asitleri, baz çiftlerinin kenarlarında veya DNA'daki majör veya minör oluğun "tabanı" boyunca açıkta kalan atomlarla spesifik hidrojen bağları yapabilir.
• A motif is defined as a cluster of amino acid residues that has a characteristic three-dimensional folding pattern and carries out a specific function. DNA-binding domain motifs are claasified : • Motif, karakteristik üç boyutlu katlanma düzenine sahip olan ve belirli bir işlevi yerine getiren amino asit kalıntıları kümesi olarak tanımlanır. DNA bağlanma alanı motifleri sınıflandırılır:
Helix-turn-helix (HTH)
• The third helix, or “recognition helix,” typically forms the principal DNA–protein interface by inserting itself into the major groove of the DNA.• Üçüncü sarmal veya "tanıma sarmalı" tipik olarak kendisini DNA'nın ana oluğuna yerleştirerek temel DNA-protein arayüzünü oluşturur.
• The homeodomain is a variant of the classic HTH that is present in many transcription factors that regulate development. • Homeodomain, gelişimi düzenleyen birçok transkripsiyon faktöründe bulunan klasik HTH'nin bir çeşididir.
•It is a conserved 60 amino acid domain that is encoded by a 180 bp “homeobox” sequence in the DNA. At least 80 genes with this motif are known, many with developmentally specific patterns of expression. •DNA'da 180 bp'lik bir “homeobox” dizisi tarafından kodlanan, korunmuş 60 amino asitlik bir alandır. Bu motife sahip en az 80 gen bilinmektedir ve çoğu gelişimsel olarak spesifik ifade kalıplarına sahiptir.
• A homeobox is a DNA sequence, around 180 base pairs long, found within genes that are involved in the regulation of patterns of anatomical development (morphogenesis) in animals, fungi and plants. • Bir homeobox, hayvanlarda, mantarlarda ve bitkilerde anatomik gelişim (morfogenez) modellerinin düzenlenmesinde rol oynayan genlerde bulunan, yaklaşık 180 baz çifti uzunluğunda bir DNA dizisidir.
• These genes encode homeodomain protein products that are transcription factors sharing a characteristic protein fold structure that binds DNA. • Bu genler, DNA'yı bağlayan karakteristik bir protein kıvrım yapısını paylaşan transkripsiyon faktörleri olan homeodomain protein ürünlerini kodlar.
Zinc finger (Zif)
• The zinc finger structural motif is one of the most prevalent DNA-binding motifs.
Basic leucine zipper (bZIP) CAAT/enhancer-binding protein (C/EBP)
Basic helix-loop-helix (BHLH) Instead, it plays an indirect structural role in DNA binding by facilitating dimerization of two similar transcription factors.
